※ 주의 : 바보머리가 될 수 있습니다.
※ 참고 : 모든 과정이 다 자동으로 되는 것은 아닙니다.

1) /etc/cron.daily 에 다음 명령들이 들어간 스크립트를 하나 맹급니다.

예)
#!/bin/bash
emerge --sync
emerge -uDN world  # 업그레이드  가능한 옵션으로. 개인 취향에 따라 =3

2) /etc/crontab에 다음 처럼 넣습니다. (똑같이 넣으라는 말 안했습니다.-ㅠ-)
    전 /etc/cron.daily 에 system_update.sh라는 파일을 만들고 퍼미션을 부여했쥬

0     3 * * 1,4   root    /etc/cron.daily/system_update.sh > /dev/null 2>&1

3) /etc/init.d/vixie-cron restart 해줍니다.

4) 아, /etc/make.conf 에 MAKEOPTS를 "-j1" 으로 반드시 설정해주시기 바랍니다.
    간혹 어떤 라이브러리나 어플리케이션의 경우, -j2 이상에서 컴파일 하다 에러가 나기 때문에,
    특별한 걱정 없이 알아서 컴파일이 되도록 하려면 이 옵션은 권장이 아닌 필수입니다.

끗입니다. 1~2주일에 한번씩 생각날 때마다 etc-update 해주시면 됩니다.
이 부분은 자동화 될 수 없는게 사용자의 입력을 일일히 다 받아야 되는 부분이기 때문이죠 -ㅅ-

메뉴얼에는 dispatch-conf가 더 쉽다고 나온거 같은데 ... 모르겠습니다. 
쉬운게 있다면 쉬운걸로 알아서 해주시는게 더 간편하겠군요 -ㅅ-;
컨피그 파일 머징 방법론에 자동화가 될 수 있는 부분이 있다면 
emerge -uDN world 다음줄에 추가해놓으시면 됩니다.

dispatch-conf 나 etc-update 동작에 불만 있으시면 python 스크립트니 뜯어고치시면 될 것 같습니다.
물론, 전 그러라고 하지 않았습니다. 소스 뜯어고치시고 나서 발생하는 문제에 대하여는 본인 책임입니다.